Ərazisi 1542 km2 olan rayonda 1 şəhər (Qusar), 1 qəsəbə (Samur), 88 kənd vardır.
Qusar rayonu şimaldan Rusiya Federasiyası ilə, şərqdən Xaçmaz rayonu ilə, cənubdan Quba rayonu ilə və qərbdən Qəbələ rayonu ilə sərhədlərə malikdir. Rayon mərkəzi dəniz səviyyəsindən 690-730 metr, ən ucqar Əlix kəndi 2400 metr yüksəklikdə yerləşir. Böyük Qafqaz dağlarının Bazardüzü (4466 m.) və Şahdağ (4243 m.) zirvələri, eləcə də 1998-ci ildə Heydər Əliyevin 75 illik yubileyi şərəfinə fəth edilmiş və ümummilli liderimizin adı verilmiş Heydər zirvəsi (3755 m.) Qusar rayonu ərazisindədir. Rayon ərazisindən çoxlu dağ çayları axır. Suyundan rayon ərazisindəki torpaqların suvarılmasında geniş istifadə edilən, əsasən qar və buzlaq suları ilə qidalanan Qusar və Samur çayları rayon ərazisindən keçməklə Xəzər dənizinə tökülür.